有媒體揭露中國網軍曾經在元旦期間入侵台灣的健保局，直至2月9日健保局才對外證實，之前健保局的「多憑證網路加退保作業系統」確實出現訊號異常的現象，但不能確定是否就是中國網軍所為。
由於「多憑證網路加退保作業系統」的資料只有被保險人的就醫日期、醫院代號等，沒有個人的詳盡就醫紀錄，健保局證實，1月4日就有不明網址的駭客以惡意木馬程式進入，尚無法確認究竟有多少承保人資料遭盜，但其入侵活動並未完成，就被工程師發現立即關機中斷。
為避免駭客入侵，中央健保局公告，「多憑證網路加退保作業系統」開放時間將改為上班日的每天上午九點到晚上七點，其他時間無法提供網路加退保平台，必須改為一般文書通知。
據健保局資訊組專門委員吳淑慧對外透露，之前多憑證加退保系統儲放在台北分局但現在已經搬回總局，已經調整主機系統並加強監控，被保險人資料實質加密，同時更加入政府資訊網路，全面提升資訊安全層級，以防範駭客再次入侵。